ينقسم هذا الكتاب المفارقات المنهجية فى فكر زكى محمود إلى ثلاثة فصول يتحدث فيه أولاً عن فصل تمهيدي يبدأ فيه بدراسة ‏المفارقات المنهجية في الفكر الوضعي المنطقي فـ ابتدأ الكتاب بأبستمولوجيا العلم ، وفي الفصل الثاني بين المؤلف الجذور الغربية ‏لفكره وكيف أنه تناول الخطوط الرئيسية فيه دون إضافة شيء جديد يذكر ، وتناول الفصل الثالث اهتمام – زكي نجيب محمود إلى ‏الثقافة العربية والتراث العربي الإسلامي . فكان منهجه في ذلك منهاجاً محافظاً في جملته ، يعتمد على النصوص الدينية ، وعلى ما ‏ورد في بعض الكتب التراثية دون استخدام منهج تحليلي مادي يعتمد على دراسة الواقع ، وتداخلاته وتأثيره وتأثره بالأفكار والقيم ‏السائدة في ذلك الوقت ، وتناولت خاتمة الكتاب أهم المفارقات التي وقعت فيها الفلسفة الوضعية المنطقية .‏

---